Existen muchas herramientas para manejo de proyectos, estas son solo algunas de las que he leido algo y recomendaria que les den una chequeada profunda:
Name: Clarizen
License: Comercial
Url: http://www.clarizen.com
Name: OnePoint
License: OpenSource/Comercial
Url: http://www.onepoint-project.com
Name: Feywa
License: OpenSource/Comercial
Url: http://www.feywa.com/
Name: Plandora
License: OpenSource
Url: http://www.plandora.org/
Name: Project Open
License: OpenSource
Url: http://www.project-open.org/
Name: Endeavour
License: OpenSource
Url: http://endeavour-mgmt.sourceforge.net/
Name: Celoxis
License: Comercial/Saas (simlar to clarizen as I see)
Url: http://www.celoxis.com
Name: PhpScheduleIt
License: OpenSource/???
Url: http://www.php.brickhost.com/index.php
Name: GantProject
License: GPL/OpenSource
Url: http://sourceforge.net/projects/ganttproject/
Probablemente encuentre mas herramientas aqui: http://java-source.net/open-source/project-management
Me gustaria que alguno(a) de uds. me de una evaluación sobre cualquiera de las herramientas citadas y/o si me recomendaria una en especial, yo personalmente me iria por Feywa, pero no se no me convencen mucho sus interfaces graficas, por el otro lado las herramientas con buena interfaz como OnePoint, Clarizen resultan ser demasiado caras... Pero bueno depende del negocio. Hay que pensar que a la larga por mas de que la herramienta es buenisima, si no se la usa correctamente es lo mismo que nada, talvez en ese caso mejor sigue usando MS-PROJECT o una hoja de Excel.